Очень просто:
1. ставим usbdm по версии прошивки jb16/js16 или что там у вас - есть open source проект на http://sourceforge.net. Обязательно отметить галочкой mcu 6.3, 5.1 (либо после второго шага т.е установки CW, не помню - не суть)
2. регистрируемся на freescale, заходим во вкладку Code Warrior development, special editions. Для восьмерок ставим CW 6.3, для mc9s качаем 5.1
3. проверяем в корневой папке кодевариора (CW 6.3 например) появился ли txt файлик usbdm - не появился, значит где-то косяк - неправильная версия программы, запоротый реестр, и т.п.
4. Подразумеваеться что дрова у вас уже стоят и usbdm подключаеться без проблем. Теперь заходим в папку /program files/freescale/cw6.3(5.1)/prog, открываем hi-wave.exe.
5. Подключаемся к TBDML или HCS08 opensource,выбираем 3.3. вольта в выпадающем меню
7. дальше просматриваем окошко с памятью (memory), помечаем себе где-нибудь pp области (защищенные), естственно не во всей памяти, а во флеш области по даташиту. Например MC9S12Q128 - 0x4000 - 0xFFFF.
8. Если ничего нет то командной строке (In) пишем - save 0x(address)..0x(address) filename.s19
9. Если будет ругаться на защищенные области, вычисляем их, копируем до и после области, потом объединяем файл.