У меня была такая же беда что после прошивки щёлкали релюхи, был этот дефект на трёх аркадиях, я и галочки ставил где нужно, субмодули БП менял, всю перефирию на материнки посмотрел пока не стал колупать сам субмодуль процессора. Все беды были просто банальным. Оказался виновником керамический конденсатор на 10 nf куда подпаевается вывод BKGD от программатора USBDM. Дело в том что когда подпаеваешь к нему проводок одна сторона кондёра отваливается, тем самым конденсатор уходит в обрыв, хотя с виду выглядит целый и не вредимый. На 10 nf конденсатора у меня не было ставил на 15 nf, все три модуля работают как часики. Всем удачных ремонтов.